
2009-2013,云南大學,生物學基地班,學士?
2013-2016,中國科學院昆明動物研究所,遺傳學,碩士
2016-2018,中國科學院北京基因組研究所,研究實習員
2018-2023,中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心),基因組學,博士 ?
2023-2025,博士后,中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)?
2025-至今,中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院,課題組長(副研究員)
在生命過程中,細胞身份的確立與轉換受到多層級表觀遺傳信息的精確調控。從胚胎發育到成體干細胞分化,再到細胞重編程或轉分化過程,細胞如何精確地協調DNA甲基化“記憶”、組蛋白修飾介導的染色質狀態、RNA化學修飾介導的轉錄后微調等多種表觀遺傳信息,精準調控基因表達程序,從而決定細胞身份?而當免疫細胞、神經細胞或腫瘤細胞等遭遇氧化、饑餓、感染或藥物處理等應激刺激時,又如何快速整合多組學層面的變化,實現適應性重編程?此類重編程又如何影響細胞的長期記憶(如免疫訓練、耐受)或命運選擇(如凋亡、衰老)?
為系統揭示細胞身份建立與命運抉擇的核心機制,課題組建立了一系列高通量單細胞多組學共檢測技術體系。該技術體系可在單次實驗中對超過10萬個細胞同時進行轉錄組與多維表觀遺傳信息的解析,涵蓋基因表達、DNA甲基化、RNA動態修飾、染色質狀態(組蛋白修飾/開放性)等多個層面。通過整合這些超高通量單細胞多組學數據,我們能夠在單個細胞水平系統繪制基因調控的全景圖譜,從而深入闡釋細胞身份建立與維持、命運抉擇、應激響應、疾病發生及機體衰老等復雜生命過程背后的調控機制。
圍繞“表觀遺傳信息如何調控基因表達的時空特異性”這一核心科學問題,課題組將重點展開以下研究:
1)?單細胞跨模態組學(轉錄組+多維表觀遺傳組學)系統性解析細胞命運決定的調控機制
2)?空間標記與液滴微流控技術的空間單細胞多組學技術研發與跨尺度應用
3)?高通量單細胞多組學技術自動化系統研發
國家自然科學基金委員會, 青年科學基金項目, 單細胞空間多組學解析髓母細胞瘤神經遞質受體作用及腫瘤微環境, 2025-01-01 至 2027-12-31, 30 萬元, 主持
中國博士后科學基金會, 國家資助博士后研究人員計劃, 單細胞空間多組學技術解析小鼠性別決定和性腺分化發育過程的分子機制, 2024-01 至 2025-12, 24 萬元, 主持?
1)?Yun Li# , Zheng Huang# , Lubin Xu# , Yanling Fan# , Jun Ping# , Guochao Li, Yanjie Chen, Chengwei Yu, Qifei Wang, Turun Song, Tao Lin, Mengmeng Liu, Yangqing Xu, Na Ai, Xini Meng, Qin Qiao, Hongbin Ji, Zhen Qin, Shuo Jin, Nan Jiang, Minxian Wang, Shaokun Shu* , Feng Zhang* , Weiqi Zhang*, Guang-Hui Liu*, Limeng Chen*, Lan Jiang*.?UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing, Nature Methods?, 2025, 10.1038/s41592-024-02586-y. (IF發表當年: 32.1)?
2)?Yun Li# , Zheng Huang# , Zhaojun Zhang# , Qifei Wang, Fengxian Li, Shufang Wang, Xin Ji, Shaokun Shu, Xiangdong Fang, Lan Jiang*. FIPRESCI: droplet microfluidics based combinatorial indexing for massive-scale 5′-end single-cell RNA sequencing, Genome Biology?, 2023, 24(1):70. (IF發表當年: 12.3)?
3)?Xiaoyue Gao# , Qiyuan Zhuang# , Yun Li # , Guochao Li # , Zheng Huang, Shenzhi Chen, Shaoxing Sun, Hui Yang*, Lan Jiang*, Ying Mao*. Single‐Cell Chromatin Accessibility Analysis Reveals Subgroup‐Specific TF‐NTR Regulatory Circuits in Medulloblastoma, Advanced Science , 2024, 11(30). (IF發表當年: 14.3)
4)?Shan Jiang#, Zheng Huang#, Yun Li#, Chengwei Yu#, Hao Yu, Yuwen Ke, Lan Jiang*, Jiang Liu*. Single-cell chromatin accessibility and transcriptome atlas of mouse embryos, Cell Reports, 2023, 42(3): 112210.(IF發表當年: 8.8)
5)?Xiaoqian Ji#, Zihao Chen#, Qiyuan Wang#, Bin Li, Yan Wei, Yun Li, Jianqing Lin, Weisheng Cheng, Yijie Guo, Shilin Wu, Longkun Mao, Yuzhou Xiang, Tian Lan, Shanshan Gu, Meng Wei, Joe Z. Zhang, Lan Jiang, Jia Wang, Jin Xu, Nan Cao*. Sphingolipid metabolism controls mammalian heart regeneration, Cell Metabolism , 2024, S1550-4131(24): 1-18
6)?Xinxin Hang#, Shiqi He#, Zaizai Dong#, Yun Li, Zheng Huang, Yanruo Zhang, Hong Sun, Long Lin, Hu Li, Yang Wang, Bing Liu, Nan Wu, Tianling Ren, Yubo Fan, Jizhong Lou, Ruiguo Yang, Lan Jiang*, Lingqian Chang*.?High‐Throughput DNA Tensioner Platform for Interrogating Mechanical Heterogeneity of Single Living Cells, Small, 2022, 18(12): 2106196
7)?Hui Yang#, Songlin Yang#, Fei Fan, Yun Li, Shaoxing Dai, Xin Zhou, Cynthia C Steiner, Bretton Coppedge, Christian Roos, Xianghai Cai, David M Irwin, Peng Shi*. A New World Monkey Resembles Human in Bitter Taste Receptor Evolution and Function via a Single Parallel Amino Acid Substitution, Molecular Biology and Evolution , 2021, 38(12): 5472-5479
8)?蔣嵐, 李蕓, 黃正, 用于高通量標記細胞核酸分子的方法和試劑盒, 2023-9-18, 其他國家, PCT/CN2023/119479 (專利實質審查階段)
9)?蔣嵐, 李蕓, 用于標記核酸分子的方法和試劑盒, 2020-12-31, 中國, ZL202111553752.7 (專利已授權)

